1999-2000 y 2000-01. Terminaron como subcampeones en la temporada 2001-02, y obtuvieron una vez más el título en la temporada 2002-03. Casi al término de la primera temporada, el club contrató a Rio Ferdinand -del Leeds United- por 29 millones GBP. El Campeonato de España comenzó en abril de 1921. En su primera participación, a los madrileños les tocó como rival para cuartos de final el campeón de la temporada pasada: el Barcelona.
