Durante las tres siguientes temporadas 2004/05, 2005/06 y la 2006/07 lo poco destacable del Athletic fueron las incorporaciones al primer equipo de jugadores como Fernando Llorente, Aritz Solabarrieta, Fernando Amorebieta o Beñat Etxebarria. En julio de 2005 el Athletic jugó por primera vez en su historia la Intertoto, entrando directamente en la segunda ronda del torneo. Lo hizo con un equipo plagado de jugadores del filial y cayendo contra todo pronóstico ante el modesto CFR Cluj de Rumania.
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