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El 13 de agosto de 1939, en reunión en el Café «El Gato Negro» (calle 16 con carrera octava) denominaron oficialmente el equipo como «Los Millonarios», como parte de un agregado en su nombre (tal como figura en las plaquetas de conmemoración de ese día), en una especie de relanzamiento y refundación del club, que tuvo lugar en esa fecha, cuando golearon por 6-0 al Deportivo Barranquilla, con goles de Luis Timón (1-0 «en franco offside», y 5-0), Martínez, Ruiz Díaz, Zapata y autogol de López. Al día siguiente el presidente de la Adefútbol, Carlos García, rechazo la propuesta, ya que las ligas se negaban a la profesionalización, no hubo acuerdo y los clubes se retiraron de la reunión. El mandatario Luis de Carlos se retiró de la presidencia antes de concluir su segundo mandato por causa de su avanzada edad en 1985 y fue sucedido por Ramón Mendoza. Alfonso Senior continuo revolucionando el fútbol del país, ya que junto con el presidente del América de Cali, Humberto Salcedo Fernández Salcefer, proyectaron en 1947 un campeonato nacional y organizaron el único campeonato que se podría denominar Interdepartamental (con equipos de todos los departamentos del país) que se jugó en el fútbol colombiano antes del profesionalismo, una temporada Nacional disputada en Bogotá con la participación de los equipos semi-profesionales más destacados del país (prácticamente la mayoría de los que iniciaron el profesionalismo al año siguiente), y en la que Millonarios se coronó como Campeón de este único antecedente de torneo nacional, superando por 1 punto a su rival de plaza, Santa Fe que terminó segundo.

Finalmente el 28 de junio de 1948 sesionaban simultáneamente en la Sociedad de Mejoras Públicas de Barranquilla, la asamblea de las Ligas de la Adefútbol y los representantes de los Clubes presididos por Alfonso Senior. Los orígenes del equipo se remontan hasta la década de los años 1920, pero empezó a ser llamado como Los Millonarios en el año de 1932 cuando su nombre era el Club Deportivo Municipal; oficialmente fue fundado el 18 de junio de 1946 bajo el nombre de Club Deportivo Los Millonarios y, posteriormente, como Millonarios Fútbol Club el 20 de abril de 2011 cuando fue reconstituido como sociedad anónima. Pasado un año de vida, el equipo rápidamente continúa ganando el apoyo de la gente gracias a sus contundentes triunfos, por lo que en un sorprendente hecho, todos sus jugadores, dirigidos por su vocero Ignacio «Nacho» Izquierdo (primer hombre importante en la historia de la institución) son convocados para formar la primera selección de fútbol de Colombia de la historia, que participó por primera vez en el mes de febrero en los Juegos Centroamericanos y del Caribe celebrados en Ciudad de Panamá, consiguiendo la Medalla de Bronce en un excelente debut. Luego de la realización de esta temporada Nacional, los equipos estaban cansados de pagarles impuestos del 5 y 10 % para permitir juegos interdepartamentales a las ligas del fútbol aficionado, regidas por la Asociación Colombiana de Fútbol (Adefútbol), creada en 1926, reconocida por la FIFA en 1934, que controlaba las ligas departamentales y que estaba radicada en Barranquilla.

Participa en la máxima categoría de la División Mayor del Fútbol Colombiano, la Categoría Primera A, desde su fundación en 1948 siendo uno de los tres únicos equipos que ha participado en todos sus torneos, junto a Independiente Santa Fe y Atlético Nacional. Luego sesiono por primera vez y se nombró el primer consejo directivo de la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor) con Salcefer como Presidente y Alfonso Senior como Fiscal, se estableció a Bogotá como sede de la entidad y se decide organizar el primer Campeonato de Fútbol Profesional Colombiano. Se eligió a Alfonso Senior Quevedo como primer presidente, a Mauro Mortola como vicepresidente y como tesorero se nombró a Oliverio Paco Pulido. Como en aquella época no existía legislación sobre sociedades deportivas, el doctor Abel Cruz Santos sugirió en hacer una sociedad sin ánimo de lucro, fue el quien redactó los estatutos en los que se suscribían acciones a $10 c/u. Al año siguiente conquistó su segunda Recopa de Europa en lo que para muchos entendidos de este deporte fue el mejor partido de baloncesto visto hasta la fecha en el viejo continente. Hasta 2020, año en el que finaliza el acuerdo actual, la entidad cobraría cinco millones por cada Champions ganada y 2,5 millones por cada Liga; a partir de entonces, siete por triunfar en Europa y 3,5 por hacerlo en España.

Los primeros partidos del equipo se jugaron en los terrenos de la finca «La Merced» del Colegio en ese entonces, donde hoy queda el Colegio San Bartolomé la Merced, y el barrio La Merced. Colegio Mayor de San Bartolomé (Carrera Séptima con Calle 9), en el Centro Histórico de Bogotá, a la que asistieron los hinchas más fieles que ya tenía el Deportivo Municipal (unas 200 personas), bajo escritura pública número 2.047 de la notaría tercera del circuito de Bogotá. Pero no solo eso, el equipo recibe el apoyo de la ciudad y es adquirido por la Municipalidad y el Concejo de Bogotá y recibe su auxilio económico. Fue entonces denominado Club Municipal de Deportes, convirtiéndose así en el equipo oficial de la ciudad de Bogotá y recibiendo el escudo (el actual) y los colores (en esa época, equipacion real madrid Blanco y Negro) oficiales de la ciudad. Adicionalmente, a lo largo de la historia es quien más jugadores campeones de torneos oficiales aportó a sus respectivas selecciones con 95 futbolistas. El 28 de enero de 1939 (ya con el agregado de «Independiente» en el nombre para aclarar su desvinculación del Municipio), debutan los tres argentinos ante la Selección de Antioquia a la que vencen por (5:4) con goles de Lucífero en tres ocasiones, Carvajal y «Nacho» Izquierdo, en lo que fue todo un espectáculo para el fútbol de la ciudad pues era la primera vez que un equipo de Bogotá (y del país) formaba con jugadores extranjeros.