En 2017 asumió Ariel Holan como técnico e Independiente comenzó eliminando en fases iniciales de la Copa Sudamericana 2017 a Alianza Lima y Deportes Iquique. Los otros dos clubes en la fusión de junio de 1919 fueron el Hamburger FC fundado en 1888 y el FC Falke Eppendorf que se remonta a 1906. La fusión se produjo debido a que los clubes se habían visto gravemente debilitados por el impacto de la Primera Guerra Mundial en personal y las finanzas y no podían continuar como entidades separadas.
